Na vzdálené kopírování souborů doporučujeme používat protokol ssh, resp. sftp. Doporučujeme používat programy gftp (nebo integrované správce souborů v grafickém prostředí KDE nebo GNOME) pod Linuxem a WinSCP pod Windows. Na platmormě linux/*nix lze samozřejmě použít programy pro textové rozhraní scp, sftp a také máme na výběr spoustu dalších jiných souborových manažerů. 

Servery vyhrazené pro připojování přes tyto protokoly z venkovní sítě jsou bart.math.muni.cz a queen.math.muni.cz. V rámci vnitřní sítě se lze těmito protokoly připojovat na všechny stroje, na které se lze připojit pomocí ssh.

Na Windows po stažení a spuštění programu naskočí obrazovka programu. V  ní se musí nastavit server, na který se chceme připojit, tedy buď queen, nebo bart, pote můžeme vyplnit uživatelské jméno a heslo. Pokud jej nenastavíme, program se nás na něj stejně zeptá. Nastavení WinSCP může vypadat například takto:

Na Linuxu v programu gftp vypadá obrazovka přibližně takto: