Servery i pracovní stanice math.muni.cz jsou vybaveny standardní sadou programů.

• kancelářský balík - OpenOffice
• internetový prohlížeč - Firefox, Google Chrome
  
• emailový klienti - Thunderbird, Mutt, Alpine
• klienti pro posílání zpráv (Msn, Icq, Jabber, GoogleTalk) - Pidgin
• prohlížeče dokumentů a obrázků - Acrobat Reader, Djvu ..
• překladače/runtime programovacích jazyků - Perl, Python, C, C++, Fortran, Java
• přehrávače multimédií - VLC, mplayer ...

Dále jsou k dispozici specializované matematické programy a programy pro profesionální sazbu textu v TeXu.

Matematické programy

• Maple
• Mathematica
• Mathematica Player
• Matlab
• Maxima
• R
• Pari-GP
• Axiom algebra system
• SAGE
• Geomview
• GAP
• Octave (není instalován na serverech)

Sazba dokumentů - TeX

• TeXlive
• LatexDraw
• JabRef
• TeXmaker
• Kile
• TeXworks (není instalován na serverech)